ISSN: 1300-0292
İndekslendiği Dizinler: SCIENCE CITATION INDEX EXPANDED
CINAHL, Index Copernicus,
Chemical Abstracts (CA),
Excerpta Medica / EMBASE
Dil: Türkçe, İngilizce
İçerik: Orijinal Araştırma, Derleme, Editöre Mektup, Olgu Sunumu, Tıp Eğitimi, Tıbbi Kitap İncelemeleri
|
|
|
Dpyd Geninin Biyoinformatik Araçlarla Analizi
Fuat DİLMEÇ, MD,a Lokman VARIŞLI,b Abdullah ÖZGÖNÜL, MD,c Osman CEN, MD,b
Ali UZUNKÖY, MDc
aDepartment of Medical Biology, Harran University, Medicine Faculty,
bDepartment of Biology, Harran University, Art and Science Faculty,
cDepartment of General Surgery, Harran University, Medicine Faculty, ŞANLIURFA
Amaç: DPYD geni, kemoterapik bir ilaç olan 5-fluorouracil (5-FU)’in %80’den fazlasını parçalayan ve pirimidin katabolik yolunda sınırlayıcı olan dihidropirimidin dehidrogenaz (DPD)’ı kodlar. Bu çalışma, çeşitli türlerdeki DPYD genini biyoinformatik olarak araştırmayı amaçlamaktadır.
Gereç ve Yöntemler: NCBI Blast, EBI ClustalW, DigiNorthern, Mega3 ve Genomatix gibi biyoinformatik araçları kullanarak insan DPYD geninin homolojisini, korunan alanlarını, promotor ve ekspresyon profillerini çeşitli türlerde inceledik.
Bulgular: Sonuçlarımız, DPD protein dizisinin incelenen tüm organizmalar arasında korunduğunu gösterdi. İnsan DPD proteini, 3 korunan bölge ailesi (GltD, DHPD_FMN ve COG1146) vardır ve bunlardan bazılarının tam ve kesikli alt korunan bölgeye sahip oldukları belirlendi. İncelenen türler arasında, insan DHPD_FMN ve COG1146 bölgeleri, insan GltD bölgesinden daha fazla korunduğu görülmüştür. Çoklu sıraya dizme stratejisi ile Xenopus tropicalis (X. tropicalis)’in tüm protein ve GltD korunan dizilerinin eksik olduğu görülmüştür. Promotorların karşılaştırmalı olarak taranması ile DPYD geninin genel olarak herhangi bir korunan traskripsiyon faktör bağlama alanlarının olmadığı belirlendi.
Sonuçlar: Bu çalışma, Danio rerio (D. rerio) dışındaki çeşitli türlerde DPD proteinlerinin evrimsel süreç boyunca korunduğunu gösterdi. NCBI bilgi bankasında bulunan insan DPYD geni ve onun homologlarının karşılaştırmalı taranması, herhangi bir ortak transkripsiyon faktör bağlama bölgesinin olmadığını gösterdi.Anahtar Kelimeler: Dihidrourasil dehidrogenaz (NADP),genomik, evrim, promotor bölgeleri, gen ekspresyonuTurkiye Klinikleri J Med Sci 2007, 27:829-837
|
|
|
|
|
